一些重要的协同增效和权衡取舍可能已经超越了部门性战略与投资的范畴。例如,在雨养或灌溉系统中种植生物能源作物可能有助于扩大能源供给,但也可能会加剧水土资源竞争,影响本地粮食安全。建设堤坝发展水电可以刺激电能生产,提供灌溉和生活用水,但也会让居民流离失所,给下游农业生态系统用水带来不利影响。若能在水、粮食、能源等部门同时发力,加强协调,提高资源使用效率,则上述及其他类似的开发项目都将会获益良多。
由于水资源被过度提取用于灌溉棉花,中亚咸海逐渐干涸;这种悲剧式发展带来了很多教训:包括供水过大压力,盐碱化加剧,农业化学品和采矿废弃物对上游河流造成污染,以及水生物种、渔业及相关生计损失。