Il n'existe aucune réglementation forestière et donc aucun périmètre n'est protégé sur le Territoire des îles Wallis et Futuna. Autrefois, il existait une pratique traditionnelle de protection, le «tapu» (traduit par «sacré, interdit»), décrétée par les chefferies coutumières. Il était interdit de couper des arbres et de défricher des forêts protégées par un «tapu». Elles concernaient principalement les forêts denses humides aux abords des ressources en eau telles que celles autour des lacs de cratère à Wallis et sur les versants des rivières à Futuna. Avec l'augmentation de la population et les besoins croissants de terre à cultiver, combinée à une perte relative d'autorité des chefferies coutumières, la pratique du «tapu» n'a aujourd'hui pratiquement plus cours. Il subsiste seulement quelques zones protégées au-dessus de certaines tarodières irriguées de Futuna.
Les forêts naturelles, surtout les forêts denses humides, ont énormément régressé au cours de ces dernières années. Sans pouvoir juger si telle ou telle essence est plus particulièrement menacée, on peut simplement indiquer que l'ensemble des espèces présentes dans les forêts denses humides exclusivement et celles présentes dans les forêts littorales exclusivement sont menacées du fait des défrichements et de l'habitat. Parmi les 17 essences considérées comme les plus importantes, sont concernées Calophyllum inophyllum, Flueggea flexuosa, Neonauclea fosteri, Planchonella linggensis, Pometia pinnata, Syzygium clusiaefolium, Syzygium inophylloides et Syzygium sp. Hormis Pometia pinnata qui est utilisé pour son bois et pour ses fruits, tous ces arbres sont utilisés pour le bois uniquement. Planchonella linggensis serait l'essence la plus menacée car elle n'a été observée qu'à Wallis et à Futuna, îles où les forêts denses humides ont le plus régressé, et pas à Alofi où les forêts denses humides couvrent encore une surface importante.
