La causa más importante de afectación de manglares en nuestro país son las contaminaciones.
La caracteristica de nuestra isla, larga y estrecha, establece la facilidad de efectuar descargas directas a las áreas de plataforma. Nuestros rios de poco curso y poco caudal son capaces de transportar hasta las zonas costeras las sustancias contaminantes con breve tiempo y con poca dilución; este hecho se agrava cuanto más se incrementan las fuentes.
Así las zonas de manglares son las que reciben primariamente el impacto de los contaminantes.
Los efectos que estas sustancias crean en la ecologia en breve tiempo, requieren años para su restauración.
En al actualidad hemos tenido afectaciones en parques de cultivos ostricolas en los que ha desaparecido el ostión del banco natural. Son de señalar como focos contaminantes importantes dañinos al mangle, los centrales azucareros y las destilerias.
El gobierno ha orientado estudios para su caracterización y el análisis de las alternativas de tratamiento de residuales; trabajos en que están implicados todos los organismos productores del pais y los rectores del medio ambiente.
El Centro de Investigaciones Pesqueras del MIP mantiene un monitoreo sistemático en varias zonas de nuestra plataforma, incluyendo áreas consteras con vistas a controlar las concentraciones de las sustancias contaminantes que alli se descargan. Para ello se toman muestras del agua y del sedimento, midiéndose diversos parámetros como son la demanda bioquimica de oxigeno, el oxigeno disuelto, temperatura, acidez, notrógeno total, nitritos, amonio, fósforo total y fosforo inorgánico, salinidad, transparencia, carbón orgánico y nitrógeno orgánico, metales pesados (cobre, plomo, arsénico) y plaguicidas.
