قد تكون هناك أوجه تآزر ومقايضات مهمة لا يمكن معالجتها من خلال الاستراتيجيات والاستثمارات القطاعية فحسب. وعلى سبيل المثال، قد تساعد زراعة محاصيل الطاقة الحيوية في الأنظمة البعلية أو المروية في تحسين إمدادات الطاقة، ولكنها قد تؤدي أيضا إلى زيادة المنافسة على الموارد من الأراضي والمياه، مع ما يترتب على ذلك من آثار على الأمن الغذائي المحلي. ويمكن استخدام السدود الكهرومائية لتوليد الطاقة وتخزين المياه للري والاستخدامات المنزلية، ولكنه قد يؤدي إلى نزوح الناس ويؤثر سلبا على توافر المياه في النظم الإيكولوجية الزراعية في اتجاه مجرى النهر. وستستفيد هذه التطورات وغيرها من التطورات المماثلة من زيادة التنسيق من خلال نهج «صلة المياه والغذاء والطاقة» لتحسين كفاءة استخدام الموارد.
وهناك الكثير من الدروس المستقاة من حالة الجفاف الحادة التي شهدها بحر آرال في آسيا الوسطى، حيث استغلّت الموارد المائية بشكل مفرط لزراعة القطن المروي. وقد أدى ذلك إلى ضغوط مفرطة على إمدادات المياه، ما أدى إلى تملّح الأنهار، وتلوث أعالي الأنهار بالمواد الكيميائية الزراعية ومخلّفات التعدين، فضلًا عن اختفاء الأنواع المائية والأسماك وسبل العيش المرتبطة بها.