La contaminación del agua es una crisis mundial cada vez más grave que afecta directamente a la salud, el desarrollo económico y la seguridad alimentaria. Aunque otras actividades humanas como los asentamientos humanos (urbanización) y la industria contribuyen en gran medida, la agricultura se ha convertido en la principal fuente de contaminación en muchos países. La degradación de la calidad del agua supone una gran amenaza para la inocuidad de los alimentos y la seguridad alimentaria.
Actualmente, se estima que alrededor de 2 250 km3/año de efluente se vierten en el medio ambiente, 330 km3/año como aguas residuales urbanas, 660 km3/año como aguas residuales industriales (en particular agua de refrigeración) y 1 260 km3/año en forma de drenaje de tierras agrícolas.
Se está superando la capacidad de los suelos para almacenar, amortiguar y degradar los contaminantes presentes en el agua debido al tratamiento antropógeno de los suelos en las tierras de cultivo y los pastos hasta el punto en que los niveles elevados de nitrógeno, salinidad y demanda biológica de oxígeno (DBO) en el agua dulce están generalizados. El uso agrícola de fertilizantes sintéticos a base de nitrógeno reactivo ha continuado aumentando desde el año 2000, pasando de casi 81 millones de toneladas a un máximo de 110 millones de toneladas en 2017, con indicios de una leve disminución en 2018. La producción de fertilizantes industriales y la fijación biológica del nitrógeno en la agricultura representan el 80% de la fijación antropógena del nitrógeno. La tasa de crecimiento mundial del uso de fósforo en la agricultura es modesta, de 32 millones de toneladas en el año 2000 a una cantidad máxima de 45 millones de toneladas en 2016, seguida de una marcada reducción.
Las estimaciones indican que la entrada total de fósforo a las masas de agua a partir del uso antropógeno es de aproximadamente 1,47 millones de toneladas anuales, de los cuales el 62% procede de fuentes puntuales (domésticas e industriales) y el 38%, de fuentes difusas (agricultura). El uso agrícola de potasa ha crecido de 22 millones de toneladas en 2000 al punto máximo de casi 39 millones de toneladas en 2018. Las repercusiones en la eutrofización de aguas dulces no son pronunciadas, como en el caso del nitrógeno y el fósforo, si bien contribuyen a la salinidad derivada de la escorrentía.
Suscitan especial preocupación la contaminación causada por los nuevos contaminantes químicos, en particular los plaguicidas, los fármacos destinados a la ganadería y los plásticos, y la posible resistencia a los antimicrobianos, en relación con la cual la reglamentación y el seguimiento actuales son escasos. En el Mapa S.11 se muestran las regiones del mundo que suscitan preocupación debido a los plaguicidas.